Управление образовательным учреждением осуществляется в соответствии с законодательством РФ и УР, Уставом МО «Город Воткинск» и Уставом МБОУ СОШ № 3. Непосредственное управление школой осуществляет директор, который назначается и освобождается от должности Главой муниципального образования «Город Воткинск».